Es difícil la lixiviación de Calcopirita ya que el azufre forma una capa sobre el mineral y realiza la lixiviación lenta. Dicho esto, no es 100% no lixiviable, no es inusual que los botaderos de mineral (de baja ley) que contiene calcopirita y que se encuentren bajo lixiviación y reporten baja recuperación de cobre, usualmente +/-30% durante varios años y la rapidez de disolución es alrededor de 0.5-1% por mes. También hay diferentes sulfuros primarios de cobre como la enargita que contiene arsénico en su estructura cristalina, al darse esta condición, se lixivia un poco más rápido, pero libera arsénico que es malo para las bacterias.

Uno no debe quedarse estancando por el tema que ocurre con las  bacterias; muchas teorías tienen a la gente pensando que las bacterias consumen cobre, las bacterias están bajo diferente actividades; algunas están ocupadas en la conversión de Fe+2 a Fe+3 que es la lixiviación química y otras bacterias consumen azufre y producen ácido, que es utilizado por otras bacterias para generar los iones férricos. La aireación ayuda a la cinética de lixiviación como lo hace que la bacteria se genere y puedan sentirse más felices cuando la solución se lixivia más cobre. El aire y el ácido son como la cerveza en una fiesta, ya que hacen a las bacterias felices ya que al descargar los productos de su metabolismo se produce la liberación de metales,  esta es una analogía quizás no muy clara.

También hay muchas pruebas y métodos patentados que trabajan a una alta presión/ y una alta/media temperatura pero que es diferente al proceso de lixiviación en pilas. En Australia alguna operación lixivio sobre los finos (menos 400 mesh) y no sobre la roca y tuvo buenos resultados.

Muñoz (1997) reporto que el mecanismo por el cual se disuelve es por la continua remoción del cobre y hierro  de la capa, siendo primero removido el hierro y luego se produce la remoción del cobre. La dificultad de lixiviar la chalcopirita bajo diferentes condiciones ambientales se debe  a la pasivación de su superficie por los productos de la reacción o por la absorción en su superficie de otras especies tales como la jarosita. Las capas ricas en azufre presentan una barrera para la difusión del agente lixiviante impidiendo la disolución del cobre. La rapidez inicial de la reacción es incierta y el azufre o capas ricas en azufre se forman rápidamente. En general, la rapidez  inicial de la disolución es rápida, y luego se vuelve lenta a medida que forman capas ricas en azufre. La rapidez de disolución ha sido considerada no sensible a la concentración de iones férricos. A temperatura ambiente (Muñoz, 1979), la disolución de la chalcopirita es limitada y generalmente mínima, Paul y otros (1992) sugieren que la rapidez inicial de la lixiviación puede ser ignorada bajo estas condiciones porque el azufre o capas ricas en azufre se forman rápidamente. Kaplun y otros (2011) uso la rapidez de disolución y el análisis de reducción del núcleo de la partícula paras investigar la energía de activación asociada con la lixiviación de la chalcopirita a moderada temperatura. En este estudio, se sume que la rapidez de disolución depende del transporte de electrones a través del azufre elemental o de capas ricas en azufre.